Om een Windows NT/2000 systeem in topvorm te houden is het noodzakelijk af en toe de schijf te defagmenteren, inclusief de belangrijkste systeembestanden. Defragmenteren van de harddisks kan door middel van de ingebouwde "Disk Defragmenter" in Computer Management.
Er zijn echter twee situaties waarin dit tool niet zo handig is:
Gebruik in deze gevallen contig, een gratis utility van sysInternals
,
naast de Disk Defragmenter.
Contig zorgt ervoor dat gefragmenteerde bestanden eerst worden geoptimaliseerd zodat deze uit zo min mogelijk fragmenten bestaan. Bij een zwaar gefragmenteerde harddisk is het verstandig (en uiteindelijk veel sneller en effectiever) te beginnen met het één of twee keer uitvoeren van "contig <driveletter>:\ /s" en daarna pas het starten van de Disk Defragmenter. Eventueel kan dit een aantal malen worden afgewisseld.
Ook is het aan te raden gebruik te maken van PageDefrag dat ervoor zorgt ervoor pagefile, hibernation file en de registry tijdens het opstarten automatisch worden gedefragmenteerd. Omdat deze betanden altijd in gebruik zijn door het besturingssysteem is het niet mogelijk om deze op een andere manier te defragmenteren.